En esta nueva etapa el Aero Club y después de la experiencia adquirida en la organización del Campeonato del Mundo de Vuelo Acrobático en el año 2.001, la Comisión Internacional de Vuelo Acrobático(CIVA) otorgó a la Real Federación Aeronautica Española y el Real Aero Club de España, la organización del WAC 05 y la celebración del Centenario de la creación del Real Aero Club de España y que una vez el Real Aero Club de Burgos participo de forma decisiva en su organización y esta recibió nuevamente las felicitaciones de la CIVA y del la FAI, resaltando las excepcionales condiciones de aeródromo de Burgos.
El Aero Club adquiere la segunda aeronave, son dos Archer II de 180 HP y completamente equipadas e instrumentadas, las EC-IIQ y la EC-DPQ, con lo que el club desarrolla una actividad notable especialmente en la referente a la formación de nuevos pilotos, también participa activamente en las Vueltas del Real Aero Club de España, tanto compitiendo como colaborando en con la organización.
El club sigue participando con los dos aviones en las Vueltas Aéreas organizadas por el Real Aero Club de España y el equipo humano acumula un “now how” realmente importante y conseguido tras tantas organizaciones y participaciones internacionales y nacionales, nuestro club y nuestros voluntarios están de forma permanente en las actividades de orden nacional e internacional. Durante esta época el Real Aero Club de Burgos desarrolla con gran penosidad su labor de difusión de la aeronautica entre los burgaleses, debido a la falta de colaboración del aeropuerto de Burgos y las dificultades impuestas por el delegado de AENA en Burgos.
En el año 2.007 el equipo de organización de competiciones se desplaza a Granada para colaborar con la RFAE en la celebración del Campeonato de Mundo de Vuelo Acrobático WAC 07, el tercero que organiza el club, se desarrollo en la base militar de Armilla, y constituyo otro éxito organizativo y en lo deportivo Ramón Alonso gano el oro, y el equipo gano la plata.
A finales del 2.007 el club pierde una de sus dos aeronaves, concretamente la EC-IIQ, al impactar durante la fase de aterrizaje contra un montón de tierra que se encontraba en el mismo borde de la pista en servicio y procedente de una zanja de las obras de la nueva pista y en el área de seguridad de la pista, la perdida es afortunadamente solo material, sin que el piloto sufriera heridas de gravedad, pero la perdida de la aeronave produce un enorme daño en el patrimonio de nuestro club.
Afortunadamente nada es eterno, aunque en ocasiones así lo parece, por fin en julio se produce un verdadero y añorado punto de inflexión es la inauguración del nuevo Aeropuerto y el nombramiento de un nuevo Director de Villafria, pronto vemos aterrizar un avión de Iberia que inaugura el aeropuerto.
A partir de este momento se produce una reactivación de la actividad de formación de pilotos, aumentando el numero de alumnos y del numero de horas, sin duda derivado a de la franca colaboración con el nuevo aeropuerto y su dirección. El Ayuntamiento de Burgos junto con las demás administraciones forman un órgano para el desarrollo de la actividad del Aeropuerto de Burgos, y piden la colaboración de nuestro club con ilusión se trabaja ya en traer actividades a nuestra ciudad.